Villa Belgiojoso viene edificata su progetto di Leopoldo Pollack tra il 1790 e il 1796 come residenza del conte Lodovico Barbiano di Belgiojoso, di ritorno a Milano dopo un'importante carriera nella diplomazia europea al servizio della casa d’Austria. Poco dopo essere stata ultimata, la Villa passa nelle mani dei Francesi divenendo anche residenza del governatore militare di Milano, Gioacchino Murat, e sontuoso scenario di pranzi e feste da ballo.
Nel 1804 è il vicepresidente della Repubblica Italiana Melzi d’Eril ad acquistare la Villa dagli eredi Belgiojoso per farne dono a Napoleone, nella cui occasione prende il nome di “Villa Bonaparte”. Nel 1806, dopo aver accolto ospiti illustri quali Camillo e Paolina Borghese e Letizia Ramolino, madre dell’Imperatore, la Villa diventa residenza della coppia vicereale formata da Eugenio di Beauharnais, figlio adottivo di Napoleone, e dalla principessa Amalia di Baviera, i quali, preferendola alla reggia, promuovono un grande intervento decorativo che interessa il piano superiore.
La vicenda della Villa, conclusa sul piano artistico, prosegue su quello storico parallelamente alla storia di Milano: residenza del maresciallo Enrico di Bellegarde all’alba della Restaurazione; luogo in cui si firma la cosiddetta “Pace di Milano” (documento con cui il 6 agosto 1849 è decretata la resa della città all’Austria nella persona del maresciallo Radetzky, poi governatore generale del regno Lombardo Veneto e a sua volta abitante della Villa, tra il 1857 e il 1858); dimora di Napoleone III. Accoglie infine il maresciallo Vaillant, comandante dell’esercito francese in Italia all’alba dell’Unità.
Dopo l’Unità la Villa viene assegnata alla Corona d’Italia ed entra in un lungo periodo di relativo abbandono. È solo grazie al passaggio al Demanio comunale, nel 1920, che si dà avvio all’importante trasformazione dell’edificio storico in sede della Galleria d’Arte Moderna di Milano, inaugurata nel 1921.